1995
Die 2. Mannschaft wurde im Jahr 1995 unter dem Trainergespann Karlheinz Spörle und Siegfried Zinser Meister der Reserve. Spielleiter Stefan Rohm hatte als verantwortlicher Vorstand großen Anteil an der sportlichen Entwicklung beider Mannschaften.
1999
Auf der Jahreshauptversammlung im März 1999 wurde Steffen Zimmermann zum neuen 1. Vorsitzenden des Vereins gewählt. Ralph Kirchhoff wurde aufgrund seiner Verdienste um den Club mit 29 Jahren zum Ehrenvorsitzenden des FC Sandhausen ernannt.
2000
Zur Saison 2000/2001 schloss man mit dem traditionsreichen Ortsnachbarn SV Sandhausen 1916 e.V. einen Kooperationsvertrag ab und trat von nun an unter der Bezeichnung SV Sandhausen II zu den Verbandsspielen an.
Über die Region hinaus bekannt wurde der FC Sandhausen, als er Mitte der 90er Jahre als Vertreter der Region Kurpfalz 3 Mal am SDR3 „6-Tage-Radio“ teilnahm. Unter der Regie von Bürgermeister Erich Bertsch gelang es dem „Team Sandhausen“ die Bevölkerung von Sandhausen und darüber hinaus für dieses „Spiel ohne Grenzen via Radio“ zu mobilisieren. Die Idee zur Teilnahme an dieser Aktion hatte das für den Freizeitbereich zuständige Vorstandsmitglied Thomas Fuhr, der von seinen damaligen Vorstandskollegen Georg Kletti, StefanRohm, Rainer Kraft und Jürgen Nauert im Orga-Team aktiv unterstützt wurde. Aber auch das „FC-Partyzelt“ auf der alljährlichen Sandhäuser Straßenkerwe war über Jahre hinweg ein Klassiker beim „Fest der Feste“ in Sandhausen.
2003
Mit der Gründung einer AH- bzw. der Freizeitmannschaft „Kurpfalz-Kicker“ kehrt der FC Sandhausen so zu sagen zu seinen Wurzeln zurück. Die Mannschaft, die in erster Linie aus ehemaligen aktiven Spielern des einstigen B-Ligisten besteht, nimmt seit dem Jahr 2003 an AH- und Freizeitturnieren teil und pflegt somit die Kameradschaft untereinander und zu befreundeten Vereinen.
In der Jugendabteilung des FC Sandhausen stand schon immer das Motto „Spaß am Spiel“ und nicht der Leistungs- oder Erfolgsdruck im Vordergrund. Unter Ronald Stoll, dem ersten Jugendleiter des FC Sandhausen, und später unter Jürgen Steinert, etablierte sich die Jugendabteilung Mitte der 90er Jahre im Fußballkreis Heidelberg.
2004
Auf der Jahreshauptversammlung am 19. März 2004 wurde der vertretungsberechtigte Vorstand durch Ralf Kuhn (1. Vorsitzender) und Horst Willnauer (2. Vorsitzender) ersetzt.
In weitere Ämter wurden gewählt: Johannes Rother (Finanzvorstand), Frank Scherer (Leiter Freizeitsport), Jürgen Herpel (Jugendleiter), Jürgen Heidler (Schriftführer) sowie Claudia Koob (Presse & Öffentlichkeitsarbeit). Als Kassenprüferinnen fungieren Elisabeth Arnold und Sybille Schulz.
